La religión parece estar en gran medida ausente del mundo futurista y secular de la Federación y en particular de la sociedad humana. Los temas con los que trata Star Trek son a menudo críticos, y casi rutinariamente cerrados con un triunfo de la ciencia sobre la fe. Esto es todo menos una sorpresa, sabiendo que Gene Roddenberry era un reconocido ateo que lucho en contra de cualquier forma de religión.
«Condeno a los falsos profetas, condeno el esfuerzo arrancar a la gente el poder de decisión racional, para despojar a la gente de su libre albedrío y de un montón de dinero en su negocio Las religiones varían en su grado de idiotez, yo las rechazo todas. Para la mayoría de la gente, la religión no es más que un sustituto de un mal funcionamiento del cerebro» Dijo Roddenberry.
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