Frederick Rappaport seleccionó una historia que fue propuesta por Gabe Essoe y Kelley Miles que no había sido utilizada por el personal de escritura. Rappaport comentó que » la idea de» Santuario «era bastante básica: los alienígenas son rescatados por Espacio Profundo Nueve, y millones más vienen detrás de ellos. Eso es básicamente lo que tenían, y no funcionaba”. Se creó un final para los personajes de Haneek y Tumak de tal forma que se les permitía permanecer en Bajor debido a sus habilidades botánicas.

Michael Piller decidió escribir un final abrupto para este episodio e invertir el final feliz de la narración original de Frederick Rappaport. Piller creía que el episodio tendría más resonancia si las cosas no resultaran bien para todos.